Бајо Станишић рођен је у Винићима код Даниловграда, 16. маја 1890. године, од оца Јакова и мајке Живане (ђев. Никчевић). Отац Јаков је први официр из братства Станишића. Командовао је Винићком четом, да би, након унапређења када постаје потпуковник и командант батаљона у Санџачкој војсци код сердара Јанка Вукотића, предао команду над Винићком четом свом сину Бају. Основну школу завршио је у Барама Шумановића, а подофицирску школу на Цетињу 1907. године. Завршио је официрску школу на Цетињу 1912. године.
У Првом и Другом балканском рату био је командир Винићке чете. Рањен је на Скадру 29. октобра 1912. године. Произведен је у чин активног пјешадијског поручника 13. новембра 1913. године. У Првом светском рату је официр, па је 1916. године интерниран у немачки логор „Болдогасон“ у ком је провео време до пада Аустроугарске 1918. године. Примљен је у југословенску краљевску војску, па је службовао у Београду, Марибору, Билећи и Требињу. Послије Првог свјетског рата ступио је у краљевску југословенску војску. У чин пуковника унапријеђен је 1936. У Билећи је вршио дужност командира Подофицирске академије. За вријеме Априлског рата био је командант 38. пука (у саставу Комског одреда Зетске дивизије Треће армије) који је једини напредовао код Скадра против Италијана у војним операцијама. По капитулацији се повезао са црногорским официрима, међу којима су били Павле Ђуришић и Ђорђије Лашић и почео припреме за дизање устанка. За вријеме Тринаестојулског устанка 1941. био је члан привремене команде народноослободилачких група Црне Горе. Послије устанка боравио је на подручју Винића и неко вријеме био је без икакве функције. Крајем јесени се налазио у штабу Вражегримско-Павковићко-Петрушинског Народноослободилачког покрета. 21. септембра мјесеца 1941. године код Петровца на Мору долази до искрцавања југословенско-британске обавјештајне мисије енглеског капетана Била Хадсона и официра краљевске војске мајора Захарија Остојића и Мирка Лалатовића. Они се почетком октобра састају са Бајом Станишићем, када му достављају документ којим га Краљевска влада из Лондона поставља за команданта националних трупа Црне Горе и Херцеговине.
У зиму долази до наглог преласка појединих дјелова КПЈ на тзв. другу фазу револуције (социјална револуција), услед чега долази до бројних злочина комуниста над ученим и угледним људима из периода прије рата. Након оваквих „лијевих скретања“, пуковник Бајо Станишић је протестно напустио Врховни штаб устаничке војске и са Бјелопавлићима формирао четничку формацију чији је био командант. Са италијанским представницима је направио споразум 11. фебруара 1942. године у селу Рсојевићи, код Даниловграда и отворено се изјашњавао против НОП-а. Споразум Станишића и комаданта италијанске дивизије Таро од 17. фебруара 1942. био је први у низу италијанско-четничких званичних споразума. У марту 1942. године, Алесандро Пирцио-Бироли успио је да направи коалицију између четника и зеленаша. Под патронатом окупатора Црна Гора је подијељена на три сектора од којих један припада зеленашима Крста Поповића, а друга два четницима Баје Станишића и Павла Ђуришића. Био је у свим борбама које су се водиле на простору Црне Горе читаве 1942. године.
Михаиловић је крајем децембра 1942. замислио план о уништењу партизана у западној Босни уз италијанску подршку и у ком би учествовале четничке јединице које су биле организоване као италијанске помоћне трупе. По том плану би четничке јединице из Лике, сјеверне Босне, сјеверне Далмације, Херцеговине и Црне Горе опколе и униште партизанску слободну територију, што би четницима омогућило да контролишу јадранско залеђе и ту сачекају очекивано савјезничко искцравање. Михаиловић је даље осмислио један план о операцијама кад се Савезници искрцају на обалу. Према томе плану, пуковник Станишић требало је да дође из Црне Горе обалом и заузети Сплит, гдје ће се ставити под команду војводе Трифуновића-Бирчанина. Њихове здружене снаге би се спојиле са онима из сјеверне Далмације, западне Босне и Лике и кренуле на сјевер. Почетком 1943. пуковник Станишић се налазио у Херцеговини, организујући своје одреде ради уништења партизанског покрета. Јединице пуковника Станишића Италијани су у фебруару возовима превезли из Никшића у Мостар ради учешћа у борбама. У јесен 1943. са генералом Блажом Ђукановићем је преселио свој штаб у манастир Острог.
Врховни партизански штаб дао је задатак Петој пролетерској црногорској бригади да опседне и ликвидира Станишићев и Ђукановићев штаб у самом Острогу. Напад је почео 17. октобра 1943. Зидине острошког манастира тучене су топовима. Блажо Ђукановић и Бајо Станишић су давали жилав отпор из самог манастира. Пуковник Станишић се повукао у Горњи острошки манастир, мислећи да ће му стићи помоћ из Никшића. После 4 дана опсаде, 21. октобра предао се први генерал Ђукановић са нешто војника, а затим је осуђен на смрт и стрељан. Једини отпор је остао да пружа пуковник Станишић са своја три синовца. И поред партизанског повика да се преда, Станишић остаје до краја. Пред његову смрт, самоубиства су извршили његови синовци, а он је погинуо пуцајући са прозора Острошког манастира. Тело му је бачено низ острошке литице.
Бајо није био пуковник, већ бригадни генерал. Ипак, у народу је остао упамћен као пуковник. Наиме, југословенска краљевска влада у Лондону је ријетко засједала, свега неколико пута годишње. На сједници владе одржаној у јулу 1943. године, одлучено је да се пуковник Бајо Јаковов Станишић унаприједи у чин бригадног генерала. Међутим, та одлука није писмено потврђена на тој сједници, већ тек на наредној која је одржана почетком 1944. године.
https://www.youtube.com/watch?v=mlVFg9yd4ZQ